Primeiramente devemos entender que o modulo MANIFESTO DO DESTINATÁRIO é uma ferramenta espelho já disponibilizado pelo próprio SEFAZ. A disponibilidade das notas no sisteam depende totalmente do SEFAZ e por seu meio de comunicação, caso ocorra erros na comunicação não será exibido no sistema.
Segue abaixo o site SEFAZ , módulo manifesto do destinatário (OBS: para fazer a consulta tem que ter certificado digital instalado):
Portal da Nota Fiscal Eletrônica (fazenda.gov.br)
Selecione a opção NÃO TENHO A CHAVE DE ACESSO
Caso ainda não esteja disponível a nota consulte pela chave de acesso, volte para a página inicial e clique em CONSULTAR NF-e
Digite a chave de acesso da nota, após conseguir consultar você pode baixar o arquivo XML e importar para o sistema.
pode acontecer em alguns casos de aparecer a mensagem abaixo, e para estes casos o que resta é entrar em contato com quem emitiu a nota para te enviar o arquivo XML da nota fiscal.